Centrum Arrupe jest członkiem Grupy Zagranica
oraz sieci Eurośródziemnomorskiej Fundacji Dialogu Kultur im. Anny Lindhwspółpracujemy również z takimi organizacjami i instytucjami jak:
Stowarzyszenie Pedagogów NATAN
Wydawnictwo RHETOS
Polsko-Amerykańska Fundacja WolnościStowarzyszenie Chrześcijańskich Dzieł Wychowania
Ignacjańskie Centrum Formacji Duchowej w Gdyni
Ministerstwo Spraw ZagranicznychMinisterstwo Edukacji NarodowejMiński Grodzki Instytut Rozwoju EdukacjiUkraiński Katolicki Uniwersytet we LwowieWyższa Szkoła Filozoficzno-Pedagogiczna IGNATIANUM w KrakowieGimnazjum i Liceum Jezuitów
Europejskie Centrum Komunikacji i Kultury
Polskie Stowarzyszenie FundraisinguFundacja Edukacja dla DemokracjiTowarzystwo Demokratyczne Wschód
Fundacja MAGIS
Fundacja SOCIRES
Edukacyjna Klinika Poradnia Profilaktyki Uzależnień